Een deel van het gebied is gelegen in Vlaams Ecologisch Netwerk en Habitatrichtlijn.
Het VEN-gebied (Vlaams Ecologisch Netwerk) betreft gebieden die de Vlaamse Regering afbakende in uitvoering van het Decreet betreffende het Natuurbehoud en het Natuurlijk Milieu van 21 oktober 1997 en het Ruimtelijk Structuurplan Vlaanderen. De gebieden van het VEN en het IVON vormen samen een netwerk van waardevolle natuurgebieden in Vlaanderen. Binnen deze gebieden wordt een beleid gevoerd dat gericht is op de instandhouding van de natuur, met specifieke beschermingsmaatregelen en middelen.

De Habitatrichtlijn is een speciale beschermingszones in uitvoering van de Europese Richtlijnen 92/43/EEG (Habitatrichtlijn) en 2009/147/EG (Vogelrichtlijn) : de habitatrichtlijngebieden (SBZ-H) en de vogelrichtlijngebieden (SBZ-V). Deze richtlijn heeft tot doel de biodiversiteit in de lidstaten te behouden en streeft naar de instandhouding en het herstel van de natuurlijke habitats en de wilde flora en fauna die hiervan deel uitmaken.

Een deel van het gebied is aangeduid als habitat-richtlijn-gebied (zie figuur: groen) (slikken en schorren). Een deel van de jachthaven is aangeduid als GEN (zie figuur: gearceerd), echter reeds rond 1970 was dit stuk al in gebruik als jachthaven.

Het gebied ten zuiden van de Boombekelaan, ter hoogte van het pompgemaal en waterbufferbekken is in het verleden en nog steeds groen ingericht. Het sluit aan bij de afbakening van de grote eenheid natuur.

Natuurreservaat Hobokense Polder ligt volledig in VEN-gebied; daarnaast is ook nog een deel slikken en schorren in de Schelde en het zuidoostelijk deel van de jachthaven aangeduid als VEN-gebied. Dit laatste is het gevolg van de foutieve intekening van de jachthaven (recreatiegebied) op het gewestplan. Het KMO gebied ten zuiden van de Boombekelaan wordt omgevormd tot groengebied met waterbuffering. De ruimte sluit aan op het VEN gebied.

Figuur: kaart VEN-gebied en Habitatrichtlijn